Ustawą z dnia 14 grudnia 1995 roku ponownie powołano w Polsce izby rolnicze. Dlatego ponownie powołano, gdyż instytucja ta działała w Polsce do 1946 roku, kiedy to została zniesiona Dekretem z dnia 26 sierpnia 1946 roku. W 1996 roku w każdym województwie, a było ich wtedy 49, powstała wojewódzka izba rolnicza. Daty powstania każdej wojewódzkiej izby rolniczej indywidualnie określił wojewoda kierując wniosek do ministra właściwego ds. rolnictwa o rozpisanie wyborów do Walnego Zgromadzenia.
Pierwsze wybory do Walnego Zgromadzenia Izby Rolniczej województwa olsztyńskiego odbyły się 29 września 1996 roku. W 53 okręgach wyborczych wybrano 101 przedstawicieli, którzy w dniu 29 października 1996 roku na pierwszym posiedzeniu Walnego Zgromadzenia wybrali Zarząd, Komisje Rewizyjną i delegata do Krajowej Rady Izb Rolniczych.
W 1999 roku reforma administracyjna zmniejszyła liczbę województw z 49 do 16. Miasta, które straciły prawa miast wojewódzkich i weszły do grupy powiatów grodzkich, czyli miast na prawach powiatu. Liczba członków Walnego Zgromadzenia Warmińsko-Mazurskiej Izby Rolniczej wzrosła do 208 osób. Pierwsze posiedzenie nowego Walnego Zgromadzenia odbyło się w dniu 26 stycznia 1999 roku, podczas którego dokonano wyboru Zarządu, Komisji Rewizyjnej, delegata do Krajowej Rady Izb Rolniczych oraz komisji problemowych, spełniających rolę pomocniczą wobec Walnego Zgromadzenia.
W wyniku nowelizacji w 2001 roku ustawy o izbach rolniczych, dokonano zmian w strukturze organizacyjnej wojewódzkich izb rolniczych poprzez wprowadzenie rad powiatowych. Zmienił się także charakter wyborów na pośredni i dwustopniowy. W dniu 8 grudnia 2002 roku odbyły się wybory do Rad Powiatowych, do których wybrano 205 członków reprezentujących 107 gmin województwa. W województwie warmińsko-mazurskich powstało 19 Rad Powiatowych. Z każdej Rady dwóch jej członków (przewodniczący i delegat na Walne Zgromadzenie) weszło w skład Walnego Zgromadzenia W-MIR, które na pierwszym posiedzeniu w dniu 13 stycznia 2003 r. dokonało wyboru Zarządu, Komisji Rewizyjnej i delegata do Krajowej Rady Izb Rolniczych.
Trzecia kadencja organów Warmińsko-Mazurskiej Izby Rolniczej rozpoczęła się w dniu 4 lutego 2007 r. w dniu wyborów do Rad Powiatowych W-MIR, w którym dokonano wyboru reprezentantów do 19 Rad Powiatowych Warmińsko-Mazurskiej Izby Rolniczej. Zaś zakończy się po upływie 4-letniego okresu, czyli w dniu 3 lutego 2011 r. o godz. 24:00,